本廠前身為「車路墘製糖所」 ，1909年由日資「臺灣製糖株式會社」創立，1910年開工生產。民國34年11月由國民政府資源委員會監理，並於次年接收。34/35年期製糖在資源委員會監理下，由原日人製糖會社人員完成。 在太平洋戰爭期間，本廠雖未直接受到盟機轟炸，但間接影響設備失修及蔗作廢耕，製糖設備雖尚完整，但廠房等設備乃屬殘破不堪，尤其蔗園荒蕪、原料生產失調更為嚴重。

民國35年5月1日「台灣糖業公司」成立，本廠隸屬「第二區分公司」管轄，民國39年7月本公司撤銷區分公司制，本廠劃歸「總爺總廠」督導。民國47年7月總爺糖廠改為「麻佳總廠」，為推行大廠制將「三崁店糖廠」併入本廠，改稱「車崁糖廠」，仍歸麻佳總廠督導。民國56年7月本廠組織調整，三崁店部份業務劃出獨立，本廠恢復「車路墘糖廠」，改隸高雄總廠管轄。民國58年8月配合所在地鄉名更改廠名為仁德糖廠，組織照舊。民國64年6月高雄糖廠撤銷，本廠改隸屏東總廠督導。 在日治時代，工場日壓榨量為1,500公噸，民國60年提升為日壓2,600公噸。民國92年7月本廠關廠併入善化糖廠，93年9月由台南區處接管。廠區部分倉庫出租給十鼓文創股份有限公司。(文字來源台灣糖業台南區處)